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2000年,南京农业大学农业工程学院更名南京农业大学工学院,其前身可追溯到1948年中央大学成立的农业工程系与金陵大学成立的农业工程系,老一辈农业工程学家吴相淦、吴起亚、水新元、高良润、潘君拯等一大批老一辈专家学者为学院的奠基与发展做出了卓越的贡献。2020年,学校将农业工程学科及机械工程学科及相关专业合并组成新的工学院,工学院作为学校的二级教学科研单位,迈入了新的发展阶段。
工学院在南京农业大学滨江校区、浦口校区办学,校区位于南京江北新区,南临长江、北依老山,环境优美、交通便捷。工学院现有教职工138人,其中具有高级职称的教师55人。师资队伍中包括加拿大院士1名、中科院百人专家1名、国务院学位委员会第八届学科评组成员1人、国务院政府特殊津贴专家2人、教育部优秀青年教师1人、江苏省“333”工程2人、江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人2人、江苏省“青蓝工程”骨干教师8人、钟山学者5人、钟山学术新秀5人。
学院下设农业工程系、电气工程系、机械工程系、车辆工程系、工业设计系和能源工程系6个教学单位。学院教学科研设施设备齐全,条件先进,设有农业工程教学实验中心(省级)、机械工程教学实验中心(省级)、农业电气化与自动化教学实验中心(省级)等教学平台,学院设有农业部农村能源研究室、农业部农业工程研究室、江苏省智能化农业装备重点实验室、江苏省现代设施农业技术与装备工程研究中心、江苏省电动农机装备科技创新中心等省部级平台,学院是江苏省拖拉机产业技术创新联盟牵头单位。学院人才培养体系完备,现有本科生2997人、研究生共424人,博士153人,硕士271人,其中留学生29人。设有农业工程博士后流动站及农业工程一级学科博士、机械工程一级硕士学位授权点;拥有农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业电气化与自动化等3个二级学科博士学位点及硕士授权点,拥有车辆工程、机械设计及理论、机械制造及其自动化、机械电子工程硕士学位授权点;设有机械专业和电子信息学位硕士授权点。其中农业工程为江苏省优势学科,机械工程为江苏省重点学科。共开设农业机械化及其自动化、农业电气化、农业智能装备工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、车辆工程、工业设计、新能源科学与工程8个本科专业,其中农业机械化及其自动化是国家级特色专业建设点(2010)和国家一流专业建设点(2019)、农业电气化专业为江苏省高校特色专业(2010)和国家一流专业建设点(2020),机械设计制造及自动化专业为国家一流专业建设点(2022)和江苏省品牌专业(2022),材料成型及控制工程和机械设计制造及其自动化专业分别于2019年、2021年通过工程教育专业认证。